Cuando en marzo de 1521 Magallanes y sus marineros llegan a las islas Filipinas, se convierten en los primeros europeos en llegar a estas tierras. Sin embargo éstas estaban ya habitadas por los nativos propios de la zona. Era prioridad de estos marinos el mantener la paz con estas tribus, pero también tenían la obligación de convertirlos al catolicismo, haciéndoles creer que esto les haría más fuertes.
Símbolo de este proceso sería la conocida como Cruz de Magallanes, cruz cristiana colocada por los exploradores el 21 de abril de 1521 en la ciudad filipina de Cebú. Actualmente esta cruz se encuentra en una capilla al lado de la Basílica del Santo Niño en la calle de Magallanes, en frente del ayuntamiento de Cebú.
Un letrero debajo de la cruz describe que la cruz original está debajo de la cruz de madera que se encuentra en el centro de la capilla. Se protege de esta forma la cruz original de gente que se llevaba trozos de la cruz como recuerdo o con la esperanza de encontrar poderes milagrosos en ella. Sin embargo, algunas personas creen que la cruz original había sido destruida o desaparecida después de la muerte de Magallanes y que la cruz actual es una réplica dejada allí por los españoles después de haber colonizado con éxito las Filipinas. Se trata de un símbolo de la ciudad y del catolicismo en toda Filipinas.
Aunque también es de destacar la imagen del Santo Niño de Cebú que se encuentra en la misma ciudad, en la basílica que lleva su nombre. Fue un regalo de al rajá de Cebú, Humabón (bautizado como Carlos en honor al emperador), y a su consorte, (Juana, en honor a la reina castellana), entregado el día 14 de abril de 1521.
Se trata de un niño Jesús de bellísima factura, de unos 30 cms. de altura, realizado en madera polícroma y, según se cree, en Flandes. El Niño porta en la mano izquierda una esfera de oro representando al mundo, buena prueba de que los marinos sabían bien que el mundo que pretendían circunvalar era redondo y valiosa premonición de que alcanzarían su propósito, así como una corona de oro y varios ornamentos donados por los fieles.
La imagen será bendecida por el Papa Pablo VI, con ocasión de su visita a Filipinas, el 28 de abril de 1965, y luego por Juan Pablo II en 1981.